中村伊敬，《黃帝內經素問講義》現存六卷，十六世紀後半。註：馬繼興，〈《黃帝內經》稀書集成解題一〉，收入《《黃帝內經》稀書集成》，第一冊，頁9。
秦宗巴，《素問注抄》十卷，1600年代初。
回生庵玄璞，《運氣抄》一卷，1635年。
回生庵玄璞，《運氣論口義》三卷，1635年。
饗庭東庵，《重校補注素問玄機原病式》，1651年。
饗庭東庵，《素問標注諸言草稿》，1651年。
饗庭東庵，《素問秘傳經脈發揮》，1651年。
松下見抔，《運氣論奧疏鈔》十卷，1672年。
名古屋玄醫，《醫學愚得》(卷上《陰陽應象大論注疏》)，1681年。
那須資信，《內經知新論》，1681年。
三屋元仲，《運氣纂要圖說》，1686年。
淺井周伯，《黃帝內經靈樞弁鈔》，1689年。
河野芸鄰齊，《素問札記》，1692年。
罔本一抱，《內經奇經八脈詳解》三卷，1697年。
竹中敬(通庵)，《素問要語集注》，1699年。
竹中通庵，《靈樞要語集注》，1699年。
竹中通庵，《素問要語意翼》，1699年。
荻生徂徠，《素問評》。日本明和三丙戌年(1766)喬山堂版復刻
荻生徂徠，《素難評》。
不著撰人，《靈樞類聚色脈篇》，江戶時代中、晚期。註：オリエント臨床文獻研究所監修，《臨床漢方診斷學叢書》，第十九冊，〈解說〉，頁16。
罔本一抱，《運氣論奧諺解》七卷，1704年。
稻葉通達，《素問研》八卷。
目黑道琢，《素問標記》。
目黑道琢，《靈樞箋》。
竹中通庵，《醫經解惑論》三卷。
門間嘉寬編，《素問諺解》九卷，1743年。
吉田元卓，《內經探賾》二卷，1746年。
芳村玄恂，《黃帝內經素問大傳》八十一卷，十八世紀中葉以前。
內藤希哲，《醫經解惑論》，1776年。註：本書原為討論《傷寒論》之書，和《內經》沒有直接關連。參內藤希哲(1701-1735)，《醫經解惑論》，收入《近世漢方醫學書集成》第70 (東京：名著出版社，1983)。
丹波(多紀)元簡，《素問解題》一卷，附錄一卷，日本天明七年(1787)躋壽館刊本。註： 此一出版資料據中央研究院歷史語言研究所傅斯年圖書館館藏美國華盛頓國會圖書館微卷MF 613.12 1075 (Roll)。
中野玄與，《素問記聞》，1788年。
金窪七郎，《素問考》，1792年。
多紀元簡，《靈樞識》六卷，1808年。
多紀元簡，《素問識》八卷，1808年。
佐田定穀，《靈樞三註》六卷，1808之後
田揚，《素問明義》，1782前，1706後1820年。
岡田靜安，《素問韻語圖解》二十四卷，1830年。
多紀元堅，《素問參楊》，1843年。
澀江抽齊，《靈樞講義》二十四卷，1845年。
多紀元堅，《素問紹識》四卷，1846年。
喜多村直寬，《素問札記》三卷，1851年。
山田業廣，《靈樞講義》，1852年。
伊澤柏軒，《靈樞紀聞》，1853年。
喜多村直寬，《素問講義》十二卷，1854年。
澀江抽齊，《素問校偽》，1856年。
淺井正，《素問記》二卷，1861年。
淺井正，《靈樞窺》，1861年。
森立之，《內經要字苑》一卷，1865年。
森立之，《素問考注》二十卷，1865年。
山田廣業，《醫經聲類》二卷，1866年。
伊澤棠軒，《素問釋義》二十卷，1867年。
山田業廣，《素問次注集疏》二十二卷，1873年。